根据所需改变原药物的原有粒子排列次序。
案例一：七厘散
在七厘散的研究过程中发现，某药业有限公司生产的七厘散检测不出红花与冰片，分散性与沉降性极差。为了比较七厘散经过超微粉碎前后各性质的变化，我们用供超微粉碎的药材做为原料，按照打底套色法（冰片喷雾加入）制作了自制普通七厘散。对比研究发现，动态药物粒子设计后散剂的分散性、沉降性得到了极大提高，散剂在温水中能快速分散（2～3min），便于服用，提高病人的顺应性；沉降性较优，能较长时间悬浮于水中，表明粉体质量较小，粒径分布均匀。动态药物粒子设计后，冰片的稳定性加强，自制散剂经10天加速稳定性实验后，挥发超过30％，而动态药物粒子设计后的各样品经10天加速稳定性实验后，挥发损失小于10％，尤其是动态药物粒子设计1号，损失最小，这可能与粒子设计时将冰片包裹在内层有关。动态药物粒子设计
后，红花中羟基红花黄色素A的溶出度变化不大，一方面羟基红花黄色素A易溶于水，另一方面，可能普通粉碎（过6号筛）已经接近红花的细胞级粉碎。动态药物粒子设计后，大黄中总蒽醌的溶出度明显提高，动态药物粒子设计各样品大黄总蒽醌的累积溶出率均高于原散剂与自制散剂，其中动态药物粒子设计6号样品溶出率最高。激光粒径测定仪与透射电镜的测定结果提示，原散剂的的平均粒径在427nm，分布窄；动态药物粒子设计各样品的平均粒径接近1000nm，大部分在100～1000nm之间。综上研究，七厘散经过动态药物粒子后能显著提高难溶性成分的溶出率，能显著提高分散性，能保持较优的沉降性，能明显减少易挥发成分的损失，对易溶性成分的溶出率改善不明显。
案例二：小金丸
小金丸质量均一性差、溶散时间不合格、以及品相差是制约丸剂发展的关键技术问题。通过动态药物粒子设计技术的导入，构造均一、稳定的全新粒子，可以保证丸剂的原料均一，丸剂各成分释放规律的一致，可以解决因混合不均匀等粉体操作导致的丸剂质量均一性差的问题。通过控制粒子的粒径及优选泛丸的辅料（黏合剂与崩解剂），可以解决丸剂溶散时间不合格的问题。通过动态药物粒子设计技术塑造较好的粉体学特性，如颜色、气、味等，或者探索新的口服给药形式（如微丸胶囊），解决品相差的问题。